给热图矩形加个标注--在线绘制带任意文字、符号标注的热图
导读在聚类热图中除了颜色编码外添加文本信息可以提供更精确的数据解释。例如直接在热图的方块内标注p值显著性从而使得数据的显著性水平一目了然有助于研究者更快速、准确地理解数据背后的含义。《Cancer Cell》文章“CCL19-producing fibroblasts promote tertiary lymphoid structure formation enhancing anti-tumor IgG response in colorectal cancer liver metastasis”fig 2G的热图以一种比颜色更加精确的方式展示了scRNA-seq结果中各种免疫细胞亚型行在不同组织列中的分布情况。添加的Ro/e 表示观测细胞数/期望细胞数ratio of observed to expected cell number)。其中表示1表示(0.8,1]表示[0.2,0.8]/-表示(0,0.2)-表示0。1打开作图URLhttps://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_cluster_heatmap_with_labels_plot_2492示例数据点击图片上方的示例数据下载并使用excel打开。示例数据包括两部分。第1部分是热图数据行是基因列是样品行列交叉处为数值。第2部分是标注数据行是基因列是样品行列交叉处为待标注的文字可以是任意键盘可以打出来的英文字母或者符号例如*!$等不标注的地方以NA表示。注两部分数据的首行和首列必须完全一样即除了将表达数据的数值换成待标注的文字外其他完全一样。3输入检查示例数据点击输入框下面的“示例”按钮将载入示例数据。真实数据数据放在excel中调整好后CtrlA选中数据CtrlC拷贝CtrlV将数据粘贴到输入框中。然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤直到检查通过如下图所示然后可以继续选择其他参数。注输入检查是新添加的功能它会根据不同模块的输入要求逐行逐列检查输入数据并给出提示以确保数据符合模块输入要求。4选择参数图片大小图片宽度高度热图小矩阵的宽度和高度若将小矩形的高度和宽度设置为一样则以正方形的形式展示这在基因和样品数相差不大的情况下可能更加美观字体大小行名字字体大小基因名的字体大小列名字字体大小样品名的字体大小Colorbar字体大小表示颜色的数值的字体大小矩形上标注文字字体大小标注的文字的字体大小颜色低颜色中颜色和高颜色分别对应数值低、中、高。若低和中或者中和高颜色一样则仅使用两种颜色矩形上标注文字颜色标注的文字或者符号的颜色颜色数越大越平滑矩形边颜色热图中小矩形边框的颜色。若选择带颜色则会弹出颜色选项是否切割聚类树设置了行切割和列切割。默认数值1为不切割Scale是否对数据进行z-score转换。两个样品时请不要选择scale否则出来就是两种颜色聚类分别设置了行聚类行不聚类以及列聚类和列不聚类选项聚类方法和距离方法设置了不同的聚类方法和距离方法。若聚类分不开可以试试不同的方法组合Colorbar颜色范围colorbar上颜色的数值breaks。默认根据数据自动选择若填有则以指定数值显示颜色例如-2,-1,0,1,2则颜色范围就从(-1.5,1.5)变成了(-2,2)字体设置了期刊杂志中最常用的两种字体Times New Roman和Arial5提交出图检查通过并且参数选好后点击“提交”按钮约3s后会在页面上显示带文字标注的热图。我们提供了pdf、svg两种矢量图png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图进行组图调整文字位置字体添加说明等操作以满足个性化需求。带cut和边框颜色的标注热图

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